¿Tengo derecho a algún tipo de indemnización con un contrato a término indefinido y con despido con justa causa?

El contrato pudo terminar por una justa causa en el concepto del empleador, pero en la realidad no ser así. La información no es muy completa así que en lo poco que se puede observar: Para hacer esos descuentos el empleador debió seguir un proceso disciplinario y tener una prueba de su culpabilidad dentro de los hechos que manifiesta y usted con el debido proceso que exige la ley, tener la oportunidad de realizar los respectivos descargos. Adicional a esto el empleador debía contar con una autorización escrita del trabajador para realizar dichos descuentos. De lo contrario los descuentos son ilegales.
Para tener derecho a la indemnización por despido sin justa causa debe desvirtuar la justa causa invocada en un proceso judicial .

Aparentemente su despido es injusto, ya que no se le respeto el debido proceso (derecho a conocer cargos y presentar descargos).
Es importante ver los documentos que usted tiene, pagos, etc. , conocer mas detalles, para indicarle como efectuar la reclamación.
Cordial saludo,
F Gaitan